Trong thời gian gần đây, những diễn biến phức tạp của biến đổi khí hậu, nước biển dâng và tình hình suy giảm nguồn nước ở các hệ thống sông do tình hình khai thác tài nguyên rừng ở thượng nguồn, quản lý, khai thác sử dụng và bảo vệ tài nguyên nước chưa được hợp lý và chặt chẽ nên tình hình hạn hán, lũ lụt hàng năm càng xảy ra nghiêm trọng làm ảnh hưởng lớn đến kinh tế, môi trường và chất lượng cuộc sống của người dân. Do nắng hạn, các sông suối nhỏ cạn kiệt, lưu lượng sông Kone không đáng kể, không có nguồn nước bổ sung từ các hồ chứa nên mực nước ngầm nhiều vùng xuống thấp, một số giếng đào, giếng khoan bị khô nên tình trạng thiếu nước sinh hoạt cho người và chăn nuôi diễn ra khắp tỉnh.

Về hạn hán:

Bình Định là 1 tỉnh nằm trong vùng khô hạn, mùa khô sự cạn kiệt của các sông là nguyên nhân gây ra hạn hán nghiêm trọng trong vùng, khoảng gần một nửa diện tích gieo trồng cây hàng năm vẫn chưa đáp ứng đủ nhu cầu nước, do mùa mưa ngắn mà tập trung chủ yếu vào tháng 10, 11. Ngược lại mùa khô kéo dài 8 tháng, nắng nhiều lại bị ảnh hưởng của gió Tây khô nóng, bốc hơi lớn nên hàng năm thường bị hạn hán xảy ra vào vụ Hè Thu và vụ Mùa trên phạm vi toàn tỉnh. Tuy nhiên mức độ hạn hán mỗi năm có khác nhau nhưng ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất nông nghiệp đẫn đến sản xuất nông nghiệp phát triển không ổn định và còn lệ thuộc vào thời tiết.
Diện tích lúa vụ Hè Thu bị hạn qua một số năm như sau:
- Năm 1993  diện tích lúa bị hạn 7.285 ha/ 37.019 ha lúa sạ cấy; năm 1997: 7.650 ha/ 38.151 ha; năm 1998: 12.379 ha/ 35.639 ha; năm 2005: 7.970 ha/34.291 ha; năm 2007: 5.885 ha/ 36.448 ha; năm 2010: 6.517 ha/ 41.185 ha.
Đặc biệt vụ mùa năm 1993 diện tích bị hạn lên đến 21.780 ha/ 41.524 ha sạ cấy chiếm 52% diện tích sạ cấy của vụ mùa.

Về lũ lụt:

Bình Định nằm gọn bên sườn phía đông dãy Trường Sơn, địa hình dốc và bị chia cắt mạnh, nhìn chung địa hình có xu hướng dốc từ Tây sang Đông khá đều đặn, khu vực ngã ba Bình Thạnh-Bảy Yển có cao trình mặt đất 12-14m, khu vực dọc đường sắt có cao trình 10-11m và dọc quốc lộ 1A cao trình
8-9m và thấp dần đến khu vực ven đê Đông thuộc xã Phước Thắng, Phước Sơn, Phước Thuận, cao trình 0-1m. Khu vực dãy núi Kỳ Sơn có cao trình 5-6m gồm đất đai của xã Phước Lộc, Phước Hiệp, Phước Nghĩa có xu hướng thấp dần từ Tây Bắc xuống Đông Nam sát sông Hà Thanh có cao trình 2-3m.
Các sông trong vùng phân ra hai đoạn khác nhau rõ rệt, phần thượng nguồn có độ dốc lớn, lòng sông hẹp. Phần hạ lưu sông rộng và nông có độ dốc bé, khi ra đến biển sông không còn dòng chính mà chia làm nhiều nhánh nhỏ tạo thành mạng lưới sông chằng chịt.
Chế độ triều vùng biển Quy Nhơn có chế độ bán nhật triều không đều đến nhật triều đều. Trong tháng có từ 18-22 ngày nhật triều và 2 lần triều cường và 2 lần triều kém. Biên độ triều cường từ 1,5-2m và biên độ triều kém chỉ xấp xỉ 0,5m.
Từ đặc điểm địa hình và mạng lưới sông như trên, khi có lũ (thường do mưa bão gây lũ) vùng đồng bằng nước chảy tràn qua sông, qua đường giao thông vào đồng ruộng, làng xóm khu dân cư gây ngập lũ trên diện rộng và gây thiệt hại rất lớn về người và tài sản.
Hiện trạng các công trình phòng chống lũ lụt
+ Hệ thống các hồ chứa nước:
Đã xây dựng được 159 hồ chứa nước lớn nhỏ với tổng dung tích 565,95 triệu m3 nước để tưới và góp phần cắt một phần đỉnh lũ cho vùng đồng bằng và hạ du các sông suối.
+ Hệ thống đê điều:
* Hệ thống đê cửa sông:
Toàn tỉnh có 4 con sông lớn: Sông Lại Giang, sông La Tinh, sông Kôn và sông Hà Thanh. Các sông này bắt nguồn từ đồi núi trong tỉnh chảy theo hướng Tây sang Đông rồi tập trung nước vào các đầm phá trước khi đổ ra biển.
- Cửa An Dũ thuộc xã Hoài Thanh, huyện Hoài Nhơn là cửa thoát nước của toàn bộ lưu vực sông Lại Giang. Do cửa thường xuyên bị bồi lấp và dịch chuyển nên đã hạn chế tiêu thoát lũ gây ngập lụt các làng mạc, khu vực sản xuất, các cơ sở hạ tầng. Đồng thời cắt đứt sự lưu thông của tàu thuyền gây thiệt hại cho việc đánh bắt hải sản và phát triển nghề cá của khu vực.
- Cửa Hà Ra thuộc xã Mỹ Đức huyện Phù Mỹ, là cửa thoát lũ duy nhất cho lưu vực có diện tích gần 200 km2 bao gồm 7 xã: Mỹ Châu, Mỹ Đức, Mỹ Thắng, Mỹ Lộc, Mỹ Lợi, Mỹ An, và Mỹ Phong. Khi có mưa lũ đây là nơi chứa nước từ các dãy núi cao dồn về và thoát ra biển qua cửa Ha Ra. Cửa Hà Ra thường bị bồi lấp đóng kín gây ngập úng cho các khu dân cư và khu vực sản xuất sản xuất quanh đầm.
- Cửa Đề Gi và đầm Nước Ngọt nằm trên ranh giới phía Đông của xã Mỹ Chánh huyện Phù Mỹ và xã Cát Minh huyện Phù Cát. Cửa Đề Gi là cửa thoát nước của hệ thống sông La Tinh với diện tích lưu vực 719 km2. Với tình trạng cửa hiện tại, khu vực trước cửa và luồng thường bị bồi lấp gây nên những bất lợi cho việc lưu thông, đồng thời khi mưa lũ tràn về do sự thoát nước kém dẫn đến sự ngập lụt các khu dân cư, cơ sở sản xuất và các hạ tầng kỹ thuật xung quanh đầm làm tổn hại to lớn về kinh tế.
* Hệ thống đê sông, đê biển:
Hiện nay dọc theo các sông trong tỉnh tại những khu vực có dân cư, cơ sở sản xuất xây dựng đê hoặc bảo vệ bờ sông. Tổng chiều dài đê hiện có 145,9 km trong đó đã xây dựng hoàn chỉnh 47.05 km, lát mái kiên cố hoàn chỉnh 8,10km bờ sông.
Sông Lại Giang có 5,20 km đê, sông La Tinh có 34,8 km đê, sông  Kôn có 88,20 km đê, sông Hà Thanh có 17,70km đê.
Về đê biển đã hình thành 4 hệ thống đê với tổng chiều dài đê ven biển và đê cửa sông là 75,4 km (Trong đó đê biển dài 53,9 km, đê cửa sông dài 21,5 km)gồm:
Hệ thống đê Tam Quan- Chương Hoà (Hoài Nhơn) có tổng chiều dài 6km
Hệ thống đê Vịnh Nước Ngọt (Phù Mỹ và Phù Cát) có tổng chiều daì 16,9 km
Hệ thống đê Hoài Hương- Hoài Mỹ (Hoài Nhơn) có tổng chiều dài 4,5 km.
Hệ thống đê Đông bao quanh đầm Thị Nại, được xuất phát từ bờ hữu đập Phú Hoà đi ven đầm Thị Nại qua các cửa sông Hà Thanh và hai nhánh sông Kôn và kết thúc tại Núi Cát xã Nhơn Hội.
Đê Đông có tổng chiều dài 48 km và để tiêu úng thoát lũ, trên tuyến đê hiện đã xây dựng được 24 tràn thoát lũ có cao trình từ 0,5-0,8 với tổng chiều dài tràn L=  2686 m, 31 cống có cao trình đáy cống từ 0.00-1.00 với tổng chiều rộng thoát lũ, tiêu úng B=162,9 m. Đây là hệ thông đê ngăn mặn quan trọng  nhất của tỉnh nhưng chưa được xây dựng hoàn chỉnh, cao trình mặt đê vùng đầm từ 1.0-1.5 vùng cửa sông từ 2.0- 3.5, mặt đê rộng B-1.8-3.0,hệ số mái đê từ 1.00-2.50, nhiều đoạn chưa được lát đá bảo vệ. Hàng năm Nhà Nước đã đầu tư kinh phí để duy tu bảo dưỡng và từng bước xây dựng hoàn chỉnh công trình nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ đã đề ra.
Kết quả kịch bản ngập lụt (theo đề tài Xây dựng bản đồ nguy cơ ngập lụt tỉnh Bình Định)
- Sông Lại Giang: Vùng ngập lụt phổ biến với độ sâu ngập từ 0,5 đến 5,5m với phần lớn ở vùng đồng bằng dưới Quốc lộ I. Với độ sâu ngập trên 6,0 m chủ yếu là bãi bồi ven sông và vùng đồng bằng phía trên cầu Bồng Sơn ở thôn Thiết Đính Nam, thôn Lại Khánh và Lại Đức.
- Sông La Tinh: Vùng ngập lụt phổ biến với độ sâu ngập từ 0,5 đến 4,5m, độ sâu ngập trên 5,0m chủ yếu là bãi bồi ven sông và đầm Nước ngọt. Địa hình vùng nghiên cứu có đồng bằng mở rộng dần về hạ lưu vì vậy mà sự thoát lũ của sông này thông thoáng.
- Sông Kôn - Hà Thanh: Vùng ngập với độ sâu ngập từ 0,5 đến 2,0m chủ yếu là nơi chuyển tiếp giữa đồng bằng và núi, vùng ngập với độ sâu từ 7,0 đến 8 m chủ yếu là ven sông phía trên Quốc lộ I, ven đầm Thị Nại và thôn Đại An.

Về xâm nhập mặn:

Độ mặn nước sông vùng ven biển tỉnh Bình Định là do độ mặn nước biển xâm nhập qua cửa sông khi triều lên. Do vậy mức độ nhiểm mặn trên từng sông phụ thuộc nhiều yếu tố như: Độ mặn nước biển ven bờ, chế độ triều, địa hình, độ dốc lòng sông, lưu lượng dòng chảy…
Tháng I – II: thời kỳ đầu mùa cạn độ mặn xâm nhập vào các sông còn nhỏ.
Tháng III – VIII: là thời kỳ mặn xâm nhập vào sông mạnh nhất, nhưng thời kỳ này có mưa lũ tiểu mãn nên độ mặn giảm đáng kể. độ mặn lớn nhất thường xảy ra vào các tháng V,VII và VIII; trong đó tháng VIII độ mặn lớn nhất.
Tháng IX: có lũ nên độ mặn giảm nhanh.
Về hiện trạng nhiễm mặn nước sông, hồ, đầm ven biển: Trên sông Hà Thanh về mùa mưa hầu hết các sông không nhiểm mặn, độ mặn chỉ vào khoảng 0,03 đến 0,33 o/oo ; nhưng về mùa khô ranh giới mặn chuyển sâu vào đất liền cách cửa sông khoảng 4,15 km và tại ranh giới này độ mặn đạt 10,4 o/oo  và tăng dần về phía biển. Trên sông Kône về mùa mưa giống sông Hà Thanh, nhưng về mùa khô ranh giới mặn chuyển sâu vào đất liền cách cửa sông khoảng 6,7 km và độ mặn đạt 10,4 o/oo . Trên sông Lại Giang mùa mưa vẫn tồn tại biên mặn trên sông cách cửa biển khoảng 2 km nhưng độ mặn đoạn này chỉ đạt từ 1,29 – 1,59 o/oo ; nhưng về mùa khô ranh giới mặn chuyển sâu vào đất liền cách biển khoảng 3,8 km và độ mặn tăng dần về phía cửa sông 1,05 – 13,66 o/oo . Đối với các đầm ở gần biển thuộc Quy Nhơn, Phù Mỹ, Tuy Phước quanh năm cứa nước mặn; mùa mưa độ mặn đạt từ 2,82 – 10,6 o/oo , mùa khô độ mặn còn cao hơn.
Mặn, phèn xâm nhập ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất nông nghiệp; đặc biệt là vùng ven biển, ven đê Đông và đầm Trà Ổ./.